年12月12日，南京告急，陆地三面被围，日本海军也突破江阴要塞正在下游排雷。卫戍司令唐生智下达撤退命令，要求各部从正面突围。然而正面都是日军，高级将领都纷纷逃往下关渡江。而本该照命令组织队伍从下关撤退的宪兵代司令肖山令却放弃了登船的机会，继续留在城内收容部队掩护官兵和难民撤退，最终血洒长江，壮烈牺牲。
萧山令是湖南益阳四方山人，年生，保定陆军官学校毕业。年国军宪兵部队成立时，晋升为少将参谋长。淞沪会战国军溃败以后，日军向南京逼近，宪兵被划为南京卫戍部队，司令谷正伦突然称病，要求到后方治疗。并将身兼职务全部交由肖山令代理。同时南京警察厅厅长王固馨也弃职逃往大后方，肖山令又临危受命代理了警察厅长职务。
11月24日，唐生智就任南京卫戍司令，3天后他对媒体发表讲话时表示：“本人奉命保卫南京至少有两件事有把握。第一，即本人所属部队誓与南京共存亡；第二，此种牺牲定将使敌人付出莫大之代价。”12月8日，日军已于南京外围据点接触，形势愈加紧张。
肖山令的同乡陈楫川曾登门劝说：“度势应变，以策安全。”肖为“与城共存亡”的口号感染，回答说：“受命拱卫首都，贪生怕死，俯首称奴，何脸见江东父老。”随后警察厅保安科长杨权又来请示：“倘到十分紧急时，我们警察厅应该有怎样的部属？”肖山令答道：“到必要时，我走，带你们同走，生死与共。”这才让警察部队人心安定下来。
肖山令当时宪兵部队的防区主要是清凉山和明故宫2块区域，肖山令也不断到前线指挥修筑工事。9日，日军猛攻光华门时，肖山令下令防守清凉山的一部分宪兵前往支援。次日，中山门吃紧时，他又派出明故宫的部队前往增援。当天，日军开始进攻宪兵部队防守的新河棉花堤，宪兵部队守到12日，阵地仍未丢失。战斗详报中曾写道：“血战四昼夜，大小数十战，均能忠勇奋发，杀敌致果。”
12日下午，中华门前的雨花台阵地失陷，紫金山第二峰也失陷。日军占据制高点，利用系留气球观察引导，不断炮击南京城内，形势愈加危急。肖山令让没有作战任务的警察部队先行渡江待命，自己留下指挥，但驻守挹江门的36师未接到撤退命令，拒绝警察部队通过。下午5时，唐生智召集各军、师召开会议，部署撤退方案。按照方案，各部均在当晚11点后由正面突围，仅宪兵和非战斗部队由下关渡江。
由于撤退计划太过突然，未及充分准备，各部长官都拒绝在方案上签字。唐生智无奈只能加了一句口头命令：“八十七师、八十八师、七十四军、教导总队，如不能全部突围，有轮渡时，可过江，向滁州集结。”但这一句话成了南京撤退混乱的根源。唐生智渡江以后，各部立即下令部队撤退，全部涌向下关，南京城内顿时大乱。高级将领纷纷逃命，有的甚至开完会连部队都没回就渡江而去。中阶将领也大多能搭上渡轮。
按照撤退计划，肖山令本应在下关指挥第三批渡江宪兵、通信部队、工兵部队、机枪连等渡江，他自己也可以随军渡江。但此时，仍有不少警察被堵在城内。他把宪兵部队交给团长罗友胜指挥，以“身兼首都警察厅长未能随队出发”，放弃了宝贵的渡江机会，继续留在下关收容失散的部队，掩护其他部队撤退。
当天下午，随警察厅副厅长方超先期出城的部分部队在江边找到船只，得以安全渡江。宪兵部队一部在团长罗友胜的指挥下，靠自扎的木筏也顺利渡江。杨权战后回忆：“他没有违背自己的诺言，他是始终领导着宪兵警察，直到南京陷落前最后一刻，他并没有弃了我们而一个人先自逃走。”
13日拂晓，日军攻入南京城内，并由三面向下关追击而来，但当时江边仍然有数万等待渡江的军民。追击而来的日军用机关枪向江边的军民扫射，肖山令见状态心想，与其坐以待毙，不如作殊死一拼。他高喊：“没有武器的退后卧倒，有枪的跟我上。”又组织部队在下关与日军战斗了5个小时，直到中午日军大部队赶来，江面也为日军军舰封锁，并向正在渡江的的中国军民射击，数万人殒命江中。
萧山令墓地手下见形势已无法支撑，把肖山令拉上了事先扎好的木筏准备渡江。先期渡江的警察部队却始终未等到肖山令，在报告给上级的战斗详报中写道：“厅长肖山令于下关指挥宪警作战时失散，迄今生死不明。”直到12月28日，一名侥幸逃脱的警察才告诉“中央社”记者：渡江时，敌舰不断开炮，船覆，灭顶者为数甚多。肖山令也牺牲在长江之中，成为南京保卫战当中牺牲职务最高的将领。
萧山令牺牲后，国民政府为了表彰他的忠勇，追赠为陆军中将。年，民政部追认其为革命烈士。在南京最危难的时刻，肖山令用生命践行了自己的诺言，反倒些口口声声“与城共存亡”的高级将领，在危机来临的时候，自乱阵脚，只顾逃命，而不执行军令。这也是南京溃退损失惨重最主要的原因。一个肖山令肯定不能改变南京战局，但如果人人都敢用命，日寇又何敢如此猖狂呢？
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